Nordväst om kyrkan, på en av öns högsta punkter står kyrkans klockstapel, en enkel bockkonstruktion av 1600-talstyp.

Huven består av ett spånklätt sadeltak med brädbeslagna gavlar. Den större klockan är enligt inskrift skänkt av havjunkaren Alexander Magnus Hummerheim, friherre till Muskö. Gjuten i juni 1752 av Johan Fahlsten i Stockholm. Lillklockan är gjuten i Stockholm 1665 av A. Joh. Meijer.

Klockstapeln påstås vara Muskös äldsta byggnadsverk.